علم سئو در اواسط دهه ۱۹۹۰ توسط وبمسترهای سایت‌های بزرگ شروع شد. در ابتدا همه وبمسترها می‌بایست تمام صفحات خود را برای آمدن خزنده ها به سایت آنها ثبت می کردند تا در نهایت صفحات آنها در نتایج جستجو به نمایش گذاشته می شد.در این روزها هنوز سوال سئو چیست در ذهن وبمسترها ایجاد نشده بود.
وبمسترها خیلی زود به اهمیت داشتن رتبه بالاتر در نتایج جستجو و مشاهده شدن سایت خود در نتایج جستجو درک کردند و به رسمیت شناختن، همین طور شد که سئو هم برای وبمسترهای کلاه‌سیاه و هم کلاه‌سفید مهم تلقی شد.به گفته تحلیل‌گر صنایع Danny Sullivan،عبارت “search engine optimization ” ( بهینه سازی موتورجستجو ) احتمالا از سال ۱۹۹۷ استفاده شده است.اولین کسی که به سوال سئو چیست پاسخ داد و مطالبی درباره بهینه‌سازی موتور جستجو توسط نوشته است John Audette است و شرکت خود را به عنوان گروه بازاریابی چندرسانه‌ای در یکی از صفحات سایت MMG در تاریخ آگوست ۱۹۹۷ ثبت کرد.
Larry Page و Sergey Brin در چهارم سپتامبر سال ۱۹۹۸ گوگل را تاسیس کردند.گوگل بخاطر طراحی ساده ای که داشت توانست تعداد فزاینده‌ی طرفداران وافادار مجذوب خود کند.گوگل هم فاکتورهای خارج از صفحه سایت ( مثل پیج‌رنک و تحلیل لینک‌های ورودی ) و هم فاکتورهای درون صفحه سایت ( مانند تعداد تکرار کلمات کلیدی، متا تگ‌ها ، عنوان‌بندی‌ها ، لینک‌ها و ساختارسایت ) را برای تولید نتایج جستجوی خود در نظر گرفت تا بتواند با دستکاری‌های وبمسترها برای رتبه کذایی جلوگیری کند.
در سال ۲۰۰۴ میلادی، موتورهای جستجوگر طیف گسترده‌ای از عوامل نامعلومی در الگوریتم رتبه‌بندی خود گنجاندند تا از دستکاری‌ها جلوگیری کنند و اثر آنها را در رتبه‌بندی کاهش دهند.
در ژوئن سال ۲۰۰۷ میلادی، روزنامه “نیویورک تایمز” اظهار داشت گوگل برای رتبه‌بندی سایت‌ها، بیش از ۲۰۰ فاکتور مختلف استفاده می کند.
در سال ۲۰۰۵ میلادی، گوگل شروع به شخصی‌سازی نتایج جستجو برای هر کاربر کرد.این شخصی‌سازی براساس سابقه جستجوی کاربرانی که در سایت گوگل ورود (لوگین) کرده اند ایجاد می شود.
در سال ۲۰۰۸ میلادی، Bruce Clay گفت که : ” رتبه‌بندی مرده است.” به دلیل شخصی‌سازی نتایج جستجو.
با رشد مداوم اینترنت موتورهای جستجوی جدید‌تری ظاهر می‌شدند که از الگوریتم‌های رتبه‌بندی پیچیده‌تری استفاده می‌کردند. این الگوریتم‌ها با معیار تراکم کلمه کلیدی ( تعداد دفعاتی که یک کلمه کلیدی یا یک عبارت در یک صفحه استفاده شده تقسیم بر تعداد کل کلمات صفحه) و برچسب‌های شبیه key-words برای فهم محتویات وب سایت‌ها استفاده می‌کردند. به دنبال این رشد سئوبرای بیشتر دیده شدن سایت‌ها فعالیت خود را شروع کرد. با توسعه رتبه‌بندی صفحات توسط موتورهای جستجو، مهندسین سئو به دنبال پیدا کردن راه‌هایی جهت تاثیرپذیری در رتبه بندی این موتورها چه با استفاده از روش‌هایاخلاقی و چه غیر اخلاقی روی آوردند.
یک مقاله که توسط نیویورک تایمز در نوامبر سال ۱۹۹۶ چاپ شد راجع به توسعه‌دهندگان وب صحبت کرد که برای قرار گرفتن در بالای صفحه نتایج جستجو از روش‌های غیر اخلاقی سئو استفاده می‌کردند. این مقاله توضیح می‌دهد که چگونه توسعه‌دهندگان وب به راحتی یک سایت را به همراه کلمات کلیدی ویژه که معمولا در پشت گرافیک سایت پنهان شده است، بارگذاری می‌کنند که در نتیجه موتورهای جستجو این کلمات کلیدی را شمارش کرده و رتبه بندی سایت را افزایش می‌دهند.
همان طور که گفته شد بدست آوردن رتبه‌بندی بالا برای کلمات کلیدی خاص در اوایل کار خیلی راحتی نسبت به امروز بوده است. با بکار گیری روش‌های غیر اخلاقی در آن زمان قرار گرفتن در بالای لیست نتایج جستجو تضمین شده بود. امروزه الگوریتم‌های موتورهای جستجو پیچیده‌تر شده‌اند و خیلی سخت است که مهندسین بهینه‌سازی بتوانند موتورهای جستجو را دستکاری کنند، البته این بازی موش و گربه بین مهندسین سئو و موتورهای جستجو امروزه نیز وجود دارد و ادامه پیدا خواهد کرد.